L’utilisation d’outils moléculaires va être comparée à la méthode traditionnelle de suivi du régime alimentaire des phoques, par étude des pièces dures présentes dans les fèces. Cette étude de R&D permettra d’évaluer l’apport de ces nouvelles analyses en complément de la méthode traditionnelle.

Contexte : suivi du régime alimentaire des phoques en relation avec la future construction du parc éolien en mer de Dieppe Le Tréport

Lors de l’établissement de l’état de référence du parc éolien en mer de Dieppe Le Tréport, le régime alimentaire des phoques gris et veaux marins va être analysé, pour les colonies des baies de Somme, Authie et Canche. Cette étude permettra de voir si, au cours de la construction puis de l’exploitation du parc, le régime alimentaire des phoques évolue en relation avec un changement dans les proies disponibles.

La méthode traditionnelle d’étude du régime alimentaire des phoques consiste à identifier les pièces dures retrouvées dans les fèces. Celles-ci sont principalement les os et otolithes de poissons et les becs de céphalopodes. Cette technique permet l’obtention des données les plus détaillées pour la description quantitative de l’alimentation de ces espèces.

Cependant, cette technique présente des limites car elle nécessite la présence de pièce dure dans les fèces. En effet, celles-ci ne seront pas présentes si le prédateur ne mange que la chair des proies ou si la proie n’a pas de pièce résistante à la digestion (espèce cartilagineuse ou gélatineuse).

Objectifs du test des analyses moléculaires

Face aux limites de la méthode traditionnelle de suivi du régime alimentaire des phoques, le GIS Éolien en Mer a proposé de tester l’utilisation d’outils moléculaires lors de la phase d’établissement de l’état de référence du parc éolien en mer de Dieppe Le Tréport.

Grâce à des technologies de séquençage d’ADN, il est maintenant possible de déterminer un inventaire des espèces proies présentes dans un échantillon de fèces d’un prédateur. Toutefois, la robustesse et l’application en routine de ces méthodes pour les mammifères marins reste à améliorer.

Le Centre d’Étude Biologique de Chizé (CEBC, UMR de La Rochelle Université – CNRS), réalisant le suivi du régime alimentaire des phoques dans le cadre des suivis environnementaux réglementaires du parc éolien en mer de Dieppe Le Tréport, a été chargé par le GIS d’effectuer ces essais de l’usage des outils moléculaires en complément de la méthode traditionnelle.

Tout d’abord une analyse bibliographique et des échanges avec des spécialistes de ces outils moléculaires seront effectués, afin de déterminer les paramètres du protocole d’analyse. Une série de tests permettront ensuite d’évaluer la robustesse du protocole, notamment en relation avec le sous-échantillonnage des fèces et la représentativité des sous-échantillons par rapport à l’échantillon complet.

Au final, l’inventaire et l’occurrence des espèces identifiées par la méthode traditionnelle sera comparée à celles obtenues avec les analyses d’ADN, pour évaluer l’apport de cette nouvelle méthode. Cette phase d’essai permettra d’établir un protocole optimisé permettant la réalisation des analyses moléculaires en routine lors des phases suivantes du parc éolien en mer.